ご契約サーバープランのSSD容量以内であれば、アップロードのファイル数に制限はありません。
100万ファイル以上保存されているディレクトリにつきましては、サーバーの動作保証外およびバックアップの動作保証外とさせていただいており、不要なファイルの削除をお願いする場合がございます。
FTPでファイル名を取得する際に、フォルダ内に大量のファイルがある場合はエラーにより表示出来ない場合があります。

また、一度に大量のファイルをアップロードした場合にエラーが発生することがあります。エラーが出る場合はファイル数を減らし複数回に分けてアップロードするか、ZIPなどで圧縮してからアップロードし、アップロード後にサーバー側で展開して下さい。